秘密保持命令制度源自智慧財產案件審理法（下稱智審法）。因智慧財產案件訴訟攻防核心爭點經常涉及營業秘密，為防止營業秘密在審理過程中洩漏使當事人受到不可回復之損害，故在智審法中設計了「秘密保持命令」制度，即法院得經聲請就訴訟中提出之營業秘密為禁止使用或開示之命令，透過違反秘密保持命令之刑罰規制效果，使提出營業秘密之一方得無虞於訴訟中提出涉及營業秘密之資料進行有效攻防，確保當事人訴訟權，而新立法之商業事件審理法（下稱商審法）基於相同利弊，亦訂有秘密保持命令之規範。
商審法秘密保持命令之規範，原則上參酌智審法訂定，並檢討智審法之瑕疵而有部分相異之規定，例如：有別於智審法第11條第1項關於受秘密保持命令之人限制之範圍、第12條第2款「應受命令保護之營業秘密」記載之聲請要件，商審法第55條第3項規定得依法於「必要時」聲請擴張受秘密保持命令對象之範圍，如協助案件之專業人士，另就第56條第2項「應受命令保護之營業秘密」之記載規範，則無須揭露營業秘密之內容，而以間接引用方式揭露供法院判斷是否符合營業秘密要件為已足。
